Nació en Puerto Naos, un barrio de Arrecife (Lanzarote), el 24 de abril de 1919 junto con su hermana gemela Amparo. También tenía un hermano y una hermana. Sus padres eran Gumersindo y Francisca, él procedente de Fuerteventura y ella natural de Lanzarote. Su familia era de clase media sin problemas económicos. En 1934 se mudaron a la Caleta de Famara, el que sería el lugar de inspiración para César más tarde.
César Manrique participó en la Guerra Civil española como voluntario en las tropas franquistas, pero su experiencia en la guerra fue terrible. Cuando volvió a Lanzarote después de la guerra, se deshizo de la ropa y otros objetos militares y no volvió a hablar de la guerra en toda su vida. Más tarde empezó los estudios de arquitectura técnica en la Universidad de La Laguna, pero los abandonó a los dos años de empezarlos. Aún así, decidió estudiar bellas artes en Madrid, en la Academia de Bellas Artes de San Fernando, donde se graduó como profesor de arte y pintura. En 1954 fundó la primera galería no figurativa de España llamada Fernando Fe.
En 1964 César Manrique se trasladó a Nueva York. Allí vivió en el lower East Side, un barrio de artistas y periodistas contemporáneos. Gracias a su primo el psicólogo Manuel Manrique, consiguió una beca para estudiar en el Institute of International Education. De esta forma empezó a pintar una gran obra que tuvo éxito en la exhibición de la galería de Nueva York “Catherine Viviano”. Al cabo de un tiempo empezó a sentir nostalgia de Lanzarote y a aborrecer Nueva York ya que, según él, nadie puede vivir en un lugar tan artificial.
Falleció el 25 de septiembre de 1992 en un trágico accidente de tráfico cerca de Arrecife (Lanzarote)
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